TCGA的全称是The Cancer Genome Atlas, 这个项目始于2005年,它旨在使用基因测序和生物信息学编目与癌症有关的基因突变。TCGA通过利用高通量基因组分析技术,来帮助我们更好地理解癌症的遗传学基础,从而提升我们对于癌症的诊断能力和对癌症的治疗、预防。
TCGA受美国癌症研究所(National Cancer Institute)下的癌症基因组中心和美国人类基因组研究所监管。
TCGA包括主要进行测序的基因组表征中心(genome characterization centers, GCCs)和负责测序数据分析的基因组数据分析中心(genome data analysis centers, GDACs),到目前为止TCGA共有39种癌症的相关测序数据,涉及29种癌症器官,1万多个肿瘤样本,27万多份文件。
GEO数据库全称GENE EXPRESSION OMNIBUS,是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。它创建于2000年,收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据,也就是说只要是目前已经发表的论文,论文中涉及到的基因表达检测的数据都可以通过这个数据库中找到。关键是这个数据是免费的!
今天小助理给大家带来了一套TCGA、GEO、Oncnmine数据挖掘视频和代码,快来看看吧!
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