时间安排
| 课程表
| 介绍
|
第一天
| 9:00~10:20
| 生信简介
| 筛选靶标的过程简介
生信与实验结合的基础。
参考文献解读了解分析思路
|
10:40~12:00
| 常用数据库及工具
| 常用的高通量(测序/芯片)的公共数据库
NCBI GEO数据库
EBI Array Express数据库
TCGA数据库
基因名称转换工具
转录调控分析工具
差异基因分析工具
|
13:30~15:00
| 聚类热图分析
| 聚类热图的意义
聚类热图的展示方式
HEMI软件:构建聚类热图的本地软件使用操作
|
15:20~17:00
| 功能富集分析
| 常用的功能富集分析工具介绍
KEGG 数据库简介
GO 数据库简介(BP, CC, MF)
通路(pathway)的简介
基因功能注释(GO ,pathway)
基因功能富集(GO ,pathway)
基因功能聚类(GO , pathway)
Pathway map图构建工具
|
第二天
| 9:00~10:20
| 基因/蛋白相互作用分析(PPI)
| 蛋白互作分析的原理和意义;
常用的蛋白互作关系的数据库介绍
单个蛋白的蛋白互作分析;
多个蛋白的蛋白互作分析;
STRING工具的使用步骤:输入、参数设置、输出等。
|
10:40~12:00
| 网络做图软件
| cytoscape软件下载安装
简介和界面初识。
逐个修改节点的属性和修改边的属性
网络展示方式更美观
网络统计分析
|
13:30~15:00
| 网络做图软件
| Cytoscape输入文件生成
批量修改节点的属性和修改边的属性
Cytoscape的常用插件:ClusterONE
Cytoscape的常用插件:BinGO
|
15:20~16:30
|
| 答疑及问题解决
|