时间安排 | 课程表 | 介绍 | |
第一天 | 9:00~10:20 | 生信简介 | 筛选靶标的过程简介 生信与实验结合的基础。 参考文献解读了解分析思路 |
10:40~12:00 | 常用数据库及工具 | 常用的高通量(测序/芯片)的公共数据库 NCBI GEO数据库 EBI Array Express数据库 TCGA数据库 基因名称转换工具 转录调控分析工具 差异基因分析工具 | |
13:30~15:00 | 聚类热图分析 | 聚类热图的意义 聚类热图的展示方式 HEMI软件:构建聚类热图的本地软件使用操作 | |
15:20~17:00 | 功能富集分析 | 常用的功能富集分析工具介绍 KEGG 数据库简介 GO 数据库简介(BP, CC, MF) 通路(pathway)的简介 基因功能注释(GO ,pathway) 基因功能富集(GO ,pathway) 基因功能聚类(GO , pathway) Pathway map图构建工具 | |
第二天 | 9:00~10:20 | 基因/蛋白相互作用分析(PPI) | 蛋白互作分析的原理和意义; 常用的蛋白互作关系的数据库介绍 单个蛋白的蛋白互作分析; 多个蛋白的蛋白互作分析; STRING工具的使用步骤:输入、参数设置、输出等。 |
10:40~12:00 | 网络做图软件 | cytoscape软件下载安装 简介和界面初识。 逐个修改节点的属性和修改边的属性 网络展示方式更美观 网络统计分析 | |
13:30~15:00 | 网络做图软件 | Cytoscape输入文件生成 批量修改节点的属性和修改边的属性 Cytoscape的常用插件:ClusterONE Cytoscape的常用插件:BinGO | |
15:20~16:30 | 答疑及问题解决 |
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